کلیسای ارتدوکس روسی در واقع جامعه اصلی مسیحیان ارتدوکس شرقی کشور را در دل خود جای داده است. جامعه ای که اکثریت آن را روس های آذربایجان تشکیل می دهند. از لحاظ تاریخی آذربایجان بخشی از امپراطوری روسیه و اتحاد جماهیر شوروی بوده، اولین کلیسای ارتدوکس باکو در سال 1815 بنا گردید، بعد از گذشت دو سال و اتمام جنگ های ایران و روسیه در سال های 1804 تا 1813 و امضای معاهده گلستان توسط دولت قاجار قسمتی از قلمرو قفقاز به روسیه اعطا شد که باکو نیز جزو آن به شمار می رفت. در سال 1905 استان باکو در حاشیه دریای خزر تاسیس گردید. در بهار سال 1917 کلیسای ارتدوکس گرجستان بار دیگر البته تنها برای بخش فرماندارای گرجستان بازسازی شد. کلیسای ارتدوکس روسی و نایب السلطنه اش قلمرو قدرت خود را در مناطق غیر گرجی قفقاز نیز حفظ نمودند و به همین دلیل قلمرو کلیسای ارتدوکس روسی تحت کنترل قفقاز در تابستان سال 1917 به وجود آمد. از این کلیسا مدتی به عنوان کلیسای جامع الکساندر نوفسکی در باکو یاد می شد و در دوران شوروی محل آزار و اذیت مسیحیان به شمار می رفت. در سال 1944 کلیسای ارتودوکس روسی بار دیگر در باکو باز شد. در سال 2011 حوزه قضایی استان روس های محلی با مرزهای سیاسی آذربایجان تنظیم گردید و نام رسمی کلیسا به حزب روس های ارتدوکس باکو و آذربایجان برای آن انتخاب شد.