تاریخ ناوبری و حمل و نقل از طریق بندر باتومی به سالیانی دراز باز می گردد. از سال 1878 تا 1885 بندر باتومی به عنوان پورتو فرانکو (Porto Franco) یا بندر آزاد اعلام شد. این تصمیم با هدف افزایش حجم معاملات بندر باتومی گرفته شد، هدفی که با پیشرفت و گذشت زمان دستیابی به آن مستلزم ساختن بندری جدید بود. پروژه ساخت بنای فعلی بندر باتومی در سال 1962 با سرپرستی معمارانی متبحر راه اندازی شد. یک مرکز ناوبری نیز در این بندر یافت می شود. ساختمان این بندر منظره ای خارق العاده از زیبایی های منطقه ساحلی باتومی را به تصویر می کشد و می توان از آن به عنوان نمادی از باتومی کهن نام برد.